Cerita tentang 3 sahabat, Huda (Nicolas Saputra), Rian (Yoga pratama), Syahid (Yoga Bagus) yang hidup di sebuah pesantren di daerah Jawa Tengah. Tiga remaja tersebut memiliki rencana hidup mereka masing-masing setelah lulus dari pesantren.
Huda, santri yang paling disayangi gurunya, Kyai Wahab. Kyai itu telah merawatnya sejak ibunya meninggalkan dia di pesantren saat berumur 11 tahun. Huda sangat mencintai ibunya walaupun dia ditinggalkan begitu saja di pesantren. Huda bercita-cita menemui sang ibu yang tinggal di Jakarta.
Hari-hari berlalu hingga akhirnya Huda bertemu dengan Dona Satelit (Dian Sastrowardoyo) seorang penyanyi dangdut. Dona yang mempunyai teman di Jakarta akhirnya membantu Huda mencarikan alamat ibunya. Begitupun Dona yang terobsesi menjadi bintang terkenal dibantu Huda dengan membuat rekaman akting Dona lewat handycam milik Rian.
Rian (Yoga Pratama) adalah seorang santri yang mendapatkan kado ulang tahun dari ibunya, sebuah handycam. Bersama dua sahabatnya, Rian sering keluar pesantren untuk menonton pasar malam. Rian semakin obsesif terhadap kamera setelah menonton layar tancap. Dia terus belajar bagaimana melakukan pengambilan gambar yang baik. Ketekunan Rian itu karena ia ingin meneruskan usaha ayahnya yaitu jasa penyuntingan video.
Sedangkan Syahid terlahir dari keluarga miskin. Sifatnya yang labil dan kondisi keluarganya membuat Syahid bergabung dalam kelompok Islam garis keras, di luar pesantren. Syahid makin mantap memasuki kelompok tersebut karena ayahnya yang sakit-sakitan memilih menjual sawah ke sebuah perusahaan milik Amerika untuk biaya pengobatan. Syahid pun merencanakan sesuatu yang besar dalam hidupnya dengan mengorbankan dirinya demi Islam.
Keseluruhan film yang disutradarai Nurman Hakim ini cukup menarik untuk ditonton. Ada banyak pesan positif. Misalnya film ini memperlihatkan kepada masyarakat bahwa tak semua ajaran Islam identik dengan kekerasan .
Dengan ditangani sutradara yang jebolan pesantren, kehidupan di pesantren juga terlihat jelas dalam '3 Doa 3 Cinta.' Termasuk adanya pelecehan seksual di pesantren dan beberapa kenakalan santri lainnya. Namun tak melulu cerita buruk soal pesantren yang ditampilkan. Ada juga sisi positif seperti mengaji, kekompakan para santri dan rutinitas para santri saat beribadah.
Untuk akting para pemainnya, Nicolas saputra sepertinya kurang memberikan gebrakan. Ia tetap menjadi sosok pria pendiam dan cool, tak jauh berbeda saat dia menjadi Rangga di 'Ada Apa Dengan Cinta?.' Tapi usaha yang dilakukannya patut dicungi jempol dengan melakukan survei ke pesantren dan belajar menjadi santri.
Lawan main Nico, Dian sastrowardoyo berakting lumayan di sini. Dian bisa mengubah imej. Sosok Dian yang 'perempuan banget' mampu menjelma menjadi cewek matre, norak, dan terkesan murahan.
Bagaimana akting dua bintang lainnya, Yoga Pratama dan Yoga Bagus? Yoga Pratama yang baru saja mendapat Piala Citra memang cukup ciamik memerankan karakter Rian.